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Upload data同定するデータのタイプを指定します。
File:同定に用いる生データファイルを指定します。
| Q TRAP4000TM | wiff * | Applied Biosystems, Canada |
| QstarTM | ||
| LTQTM | .raw * | Thermo, USA |
| LCQTM | ||
| OrbitrapTM | ||
| QuantumTM | ||
| Q-Tof microTM | .raw (directry) ** | Waters, USA |
| IT-TOFTM | .lcd | Shimadzu, JPN |
- Analyst2.0以上の場合は.wiffファイルと.scanファイルをZipファイルに圧縮してアップロードして下さい。
- Q-TOFのデータはZipファイルに一連のファイルを圧縮してアップロードして下さい。
ManualManualを指定した場合は手動でスペクトルのデータを指定します。
| Type | スペクトルのタイプを指定します。以下のいずれかを選択します
|
| Precursor | MS2スペクトルのプリカーサイオンのm/zを入力します。TypeでMS2を指定した場合に入力可能です。 |
| Target | MS2スペクトルのプリカーサイオンのm/zを入力します。TypeでMS2を指定した場合に入力可能です。 |
| Polarity | Positive測定かNegative測定かを指定します。 |
| Data |
スペクトルのタイプを指定します。以下のいずれかを選択します
|
Lipid Search Option:脂質同定処理のオプションを指定します。
Database: 同定に用いるデータベースを選択します。
Search Type:同定対象を選択します。
- MS1:入力ファイル中、MS1スペクトルを同定します。
- MS2,MS3:入力ファイル中、MS2、MS3スペクトルを同定します
- NL,Prec:入力ファイル中、Neutral Loss、Precursor Ion Scanスペクトルを同定します。
ExpType:LC-MSかInfusionかを選択します。
Filter:同定対象のクラス、イオンを選択します。
[Class filter]
| Group | 登録されている脂質クラスのグループを示します。 |
| Symbol | 登録されている脂質クラスのシンボルを示します。 |
| Name | 登録されている脂質クラスの名前を示します。 |
| All/Clear | 全ての脂質を選択する場合はAllボタンを押して下さい。全ての脂質クラスが選択状態になり、ボタン名が「Clear」に変更されます。 選択状態を解除するには「Clear」ボタンを押して下さい。全ての脂質クラスの選択状態が解除され、ボタン名が「All」に変更されます。 |
[Ion filter]
| Polarity | 登録されているイオンの極性を示します。 |
| Name | イオンの名称を示します。 |
| All/Clear | 全てのイオンを選択する場合はAllボタンを押して下さい。全てのイオンが選択状態になり、ボタン名が「Clear」に変更されます。 選択状態を解除するには「Clear」ボタンを押して下さい。全てのイオンの選択状態が解除され、ボタン名が「All」に変更されます。 |
Tolerance同定時の測定ピークと理論ピークの許容誤差を指定します。
| Parent Tol | MS1スペクトル、Neutral Lossスペクトル、Precusror Ion Scanスペクトル中のピークと脂質理論値との許容誤差を指定します。ppm, Daによる設定が可能です。 |
| NL/Prec Tol | Neutral Lossスペクトル, Precursor Ion Scanスペクトルのターゲット値と脂質ニュートラルロスもしくはフラグメントイオン理論値との許容誤差を指定します。 |
| Precursor Tol | MS2, MS3スペクトルのプリカーサイオン値と脂質イオンの理論値との許容誤差を指定します。 |
| Product Tol | MS2、MS3スペクトル中のピークと脂質フラグメントイオンの理論値との許容誤差を指定します。 |
Merge Range:指定範囲内(分)にあるMS1、Neutral Loss、Precursor Ion Scanのピークをマージします。
ThresholdIntensityや同定スコアの閾値を設定します。
| Intensity Threshold |
|
| M-Score Threshold： | MS2、MS3スペクトル同定の場合に指定します。マッチングスコアの閾値を指定します。 |
PeakPickingOption生データからピーク抽出を行う際のオプションです。
R.T. Interval:Parentスペクトル(MS1、NL、Prec)のピーク抽出を行う際の間隔(分)を指定します。指定した間隔にあるスペクトルのピーク抽出処理を行います。
R.T. Range:ピーク抽出を行う時間範囲(分)を指定します。例えば20, 30と指定した場合は、生データファイルから20分～30分の範囲内にあるスペクトルのみピーク抽出処理が行われます。
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Result Summary同定結果の集計画面です。
| Class | 同定されたクラスを示します。閲覧したい脂質クラスをチェックします。 |
| Lipid Group |
同定された脂質グループ数を表示します。脂質グループとは、脂肪酸の炭素数と不飽和数を合計し、グルーピングした脂質を示します。脂質グループとは、脂肪酸の炭素数と不飽和数を合計し、グルーピングした脂質を示します。 例) PC(16:0/18:2)+H → 脂質グループ：PC(34:2)+H |
| Lipid Ion | 同定された脂質イオン数を示します。 |
View:Result Table画面を開きます。
Filter:同定結果のフィルター画面を開きます。
| Toprank Filter | 各データでトップランクで同定された脂質のみを表示します。 |
| Main node Filter | 同定された脂質の中で代表となるピークのみを表示します。代表ピークはIntensity、M-Score、T-Scoreを考慮して選択されます。 |
| M-Score | 同定された脂質のM-Scoreの閾値を設定します。M-Scoreは高いほど信頼性が高いことを示します。 |
| T-Score | 同定された脂質のT-Scoreの閾値を設定します。T-Scoreは0に近いほど信頼性が高いことを示します。 |
| Polarity |
極性によるフィルターを設定します。
|
Export:同定結果をエクスポートします。
Result Table同定結果の一覧画面です。
| Data Id | データのIDを示します。MS1ピーク、NL/Precピーク、MS2スペクトル、MS3スペクトル各々で一意の数値です。 MS2,MS3同定時にクリックすると同定結果詳細画面が開きます。 |
| LipidIon | 同定された脂質イオンを示します。 |
| Scan |
同定されたデータのタイプを示します。
|
| ObsMz | 脂質イオンの測定値(m/z)を示します。 |
| CalcMass | 脂質イオンの理論分子量(モノアイソトープ)を示します。 |
| Rt | 保持時間を示します。 |
| It. | 同定されたピークのIntensityを示します。MS2の場合は、プリカーサイオンピークのIntensityを示します。 |
| Pol |
極性を示します。
|
| ｚ | 電荷を示します。 |
| Delta(Da) | 理論値と測定値の差分(Da)を示します。 |
| Delta(Ppm) | 理論値と測定値の差分(PPM)を示します。 |
| T-Score |
LC-MSの保持時間を元に算出したスコアを示します。0に近いほど信頼性が高くなります。T-ScoreはExp TypeにLC-MSを選択した場合のみ算出されます。
* 2008/6/16現在はリゾリン脂質、スフィンゴ脂質に対しては算出しません。 |
| M-Score | Search TypeにMS2,MS3を指定した場合に算出されます。スペクトル中のプロダクトイオンピークのマッチ数を元に算出したスコアを示します。高い数値ほど信頼性が高くなります。 |
| Occ. | Search TypeにMS2,MS3を指定した場合に算出されます。この脂質にアサインされたMS2スペクトルピークのピーク全体に対する割合を現します。高いほど、このスペクトルにユニークに同定されていることを示します。低い場合は同定の信頼性が低いかもしくは他脂質との混合スペクトルであることを示します。 |
| Cnt | Search TypeにMS2,MS3を指定した場合に算出されます。MS2,MS3スペクトル中のピークで、脂質のプロダクトイオンとアサインされたピーク数を示します。 |
Sort同定結果一覧をソートします。Sortボタンを押すと、ソート項目設定画面が表示されます。ソート対象の列名を選択し、昇順(ascending)か降順(descending)を選択し、OKボタンを押すと同定結果一覧表がソートされます。ソート項目は優先順位1位～3位まで、最大3項目まで指定することができます。
Show Spectrum TooltipLipidIon列をクリックするとスペクトル情報をあらわすツールチップが開きます。
| Product Ion | マッチしたプロダクトイオンの名前を示します。 |
| Type | 同定されたピークの測定タイプを示します。 |
| ObsMz | 同定されたプロダクトイオンの測定値(m/z)を示します。 |
| Intensity | 同定されたピークのIntensityを示します。MS2、MS3ピークの場合に表示されます。 |
| Delta(Da) | 同定されたプロダクトイオンの測定値と理論値の差分(Da)を示します。 |
Result Detail同定結果の詳細画面です。詳細画面は以下3つのブロックに分かれます。
Spectrum Graph同定されたMS2スペクトルの画像を表示します。
スペクトルのX軸下方にカーソルを合わせ、閲覧したい範囲をドラッグするとスペクトルが拡大して表示されます。また、X軸下方でシングルクリックすると拡大が解除されます。
御注意：当機能を使用するにはAdbe社のプラグイン「SVG Viewer」のインストールが必要となります。下記サイトよりSVG Viewerをダウンロードし、ブラウザにインストールして下さい。
SVG Viewer
Spectrum Information スペクトル情報を表示します。以下の情報が出力されます。
| Spectrum ID |
表示されているスペクトルのIDと詳細情報が表示されます。MS3が検出されている場合はMS3スペクトルの情報も表示されます。表示内容は以下のようになります。
|
| Lipid | このスペクトルに同定された脂質イオンを示します。 |
| Other | 表示されている脂質がアサインされた他のスペクトルIDが出力されます。スペクトルIDをクリックすると、クリックしたスペクトル詳細画面に遷移します。 |
Product Ion Table このスペクトルから同定された脂質候補とプロダクトイオンの一覧が表示されます。
| LipidIon | このスペクトルにアサインされている脂質名です。名前横のラジオボタンをチェックするとスペクトルグラフブロック、フラグメントテーブルブロックが動的に切り替わります。 |
| M-Sc. | このスペクトルに同定された脂質イオンのM-Scoreです。 |
| T-Sc. | このスペクトルに同定された脂質イオンのT-Scoreです。 |
| Occ. | このスペクトルに同定された脂質イオンのOccupyです。 |
| St. |
この脂質イオンの同定状態です。
|